Ændringer i planen

Når et værk er næsten 125 år undervejs, må der nødvendigvis ske ændringer i planen. Udover at tekstdelen aldrig blev færdig, se teksterne, undergik planen for tavlerne væsentlige ændringer i tidens løb. Ændringerne skyldtes i vidt omfang de politiske forhold:

Indskrænkninger
Efter 1814, hvor det dansk-norske dobbeltmonarki blev opløst og Norge kom i union med Sverige, blev der næsten ikke optaget norske planter i Flora Danica.
Efter 1864, hvor hertugdømmerne forsvandt fra det danske monarki, faldt den tyske udgave helt naturligt bort.

Udvidelse
På det nordiske naturforskermøde i Roskilde i 1847 blev der stillet forslag om at gøre Flora Danica til et skandinavisk værk. Man skulle færdiggøre behandlingen af de norske planter og tilføje de vigtigste af de planter, som kun findes i Sverige.
Forslaget blev gennemført. Det blev besluttet at udgive et supplementsbind (3 hæfter, 180 tavler) med norske og svenske planter.
Hermed blev Flora Danica et langt mere helstøbt værk, end hvis det "kun" skulle have omfattet Danmark med de nordatlantiske "bilande": Færøerne, Island og Grønland. Floraen i disse områder er naturligvis væsentligt forskelligt fra floraen i Syddanmark, og den nordskandinaviske flora danner en formidlende overgang mellem disse områder.

Tavle 30 Oeders troldurt Pedicularis oederi Vahl in Hornem. Oeders troldurt er en af de mange norske fjeldplanter fra hæfte 1. Der var tale om en hidtil ubeskrevet plante, og Oeder forvekslede den med en anden, nemlig Pedicularis flammea. Til ære for Oeder navngav Martin Vahl den senere Pedicularis oederi - Oeders troldurt, hvilket navn den stadig bærer.