Prækliniske institutter
Biomedicinsk Institut
Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi
Institut for Neurovidenskab og Farmakologi
Institut for Cellulær og Molekylær Medicin
Institut for Folkesundhedsvidenskab
Odontologisk Institut (Tandlægeskolen)
Retsmedicinsk institut

Kliniske institutter
Institut for Ortopædi og Intern Medicin
Institut for Kirurgi og Intern Medicin
Institut for Neuro- og Sansefag
Institut for Gynækologi, Obstetrik og Pædiatri
Institut for Diagnostiske Fag


Desuden findes Afdeling for Eksperimentel Medicin, der fungerer som et institut.

Institutternes organisering før 1. januar 2007